Hoạt động quan trắc chất lượng môi trường nước mặt và thủy sinh là một nhiệm vụ cấp thiết nhằm đưa ra những vấn đề chung về hiện trạng và xu hướng diễn biến chất lượng môi trường nước mặt và thủy sinh tại các khu vực ở tỉnh Cà Mau, từ đó có những biện pháp thích ứng, khắc phục kịp thời.

Lấy mẫu và phân tích các chỉ tiêu môi trường nước mặt và thủy sinh tại các điểm quan trắc ở 9 huyện, thị, thành phố tại tỉnh Cà Mau gồm: thành phố Cà Mau, các huyện Thới Bình, U Minh, Trần Văn Thời, Cái Nước, Phú Tân, Đầm Dơi, Ngọc Hiển, Năm Căn.

Các thông số quan trắc môi trường nước mặt (17 thông số): Nhiệt độ, pH, EC, Độ mặn, DO, Độ đục, BOD5, COD, Chất rắn lơ lửng, N-NH4+, P-PO43-, N-NO3-, N-NO2-, Fe tổng, Pb, Tổng coliform, Dầu mỡ.

Tần suất quan trắc chất lượng môi trường nước mặt và thủy sinh ở tỉnh trong kế hoạch năm 2014 được tiến hành làm 2 đợt: đợt 1 vào tháng 04 năm 2014, đợt 2 tháng 10 năm 2014.